Es sind nun schon 2 1/2 Jahre vergangen seitdem Naruto mit Jiraiya-sama, einem der legendären Sannin, aus Konoha ausgezogen ist, um sich für den entscheidenden Kampf gegen Sasuke vorzubereiten. Doch jetzt braut sich neues Unheil zusammen, die geheime und mysteriöse Organisation "Akatsuki", zuder auch Sasukes Bruder Itachi gehöert, wird langsam aktiver und fängt an sich immer mehr zu zeigen. Deshalb entscheiden sich Jiraiya und Naruto dazu nach Konoha zurückzukehren, wo sie bereits sehnsüchtig erwartet werden. Doch es hat sich einiges dort verändert....

... was hat "Akatsuki" wirklich vor und was hat sich in Konoha verändert?